- Himito distingue variantes reales del ADN mitocondrial de fragmentos semejantes integrados dentro del genoma nuclear, una fuente habitual de errores analíticos.
- Aplicada al programa estadounidense All of Us, la herramienta detectó variantes patogénicas, diversidad poblacional y patrones genéticos y epigenéticos asociados con la edad.
Una nueva herramienta denominada Himito pretende resolver varios de los problemas que complican el análisis del ADN de las mitocondrias, las estructuras celulares responsables de buena parte de la producción de energía. El sistema aprovecha secuenciación de lectura larga para reconstruir el genoma mitocondrial, identificar variantes y estudiar determinadas modificaciones epigenéticas dentro de un mismo flujo de análisis.
Aunque el ADN mitocondrial es mucho más pequeño que el genoma nuclear, estudiarlo tiene dificultades específicas. El núcleo contiene fragmentos antiguos derivados de mitocondrias, conocidos como NUMTs, que pueden confundirse con auténticas secuencias mitocondriales cuando los fragmentos leídos son demasiado cortos. Himito incluye filtros destinados precisamente a separar ambas fuentes antes de reconstruir los haplotipos.
La herramienta utiliza después una representación mediante grafos para recoger la diversidad del ADN mitocondrial y puede realizar ensamblaje, identificación de variantes y análisis de metilación en un mismo procedimiento. En las comparaciones presentadas por sus autores, obtuvo mejores resultados de ensamblaje y llamada de variantes que las herramientas utilizadas como referencia.
Los investigadores aplicaron el método a datos de secuenciación larga del programa All of Us, una gran iniciativa poblacional estadounidense. El análisis identificó variantes de ADN mitocondrial previamente relacionadas con enfermedad, reconstruyó la diversidad de haplogrupos y encontró patrones genéticos y epigenéticos cuya frecuencia variaba con la edad.
Himito no convierte esas asociaciones en un nuevo diagnóstico ni demuestra que las alteraciones encontradas causen envejecimiento. Su valor está en disponer de una herramienta abierta que permita estudiar con más detalle una parte del genoma que todavía suele quedar simplificada en muchos proyectos. La incorporación creciente de secuenciación de lectura larga permitirá comprobar ahora si algunos patrones mitocondriales pasados por alto tienen relevancia biológica o clínica.
